Systém HACCP byl vyvinut v rámci výzkumu vesmíru v USA. Základy HACCP vyvinuly společně firma Pillsbury Co. (produkce a výzkum potravin), která dostala za úkol vyvinout potraviny vhodné ke konzumaci ve stavu beztíže.  Nejtěžším úkolem tohoto programu bylo zabezpečení  se 100 %-ní jistotou, že potraviny určené pro kosmonauty nebudou kontaminovány bakteriemi, viry, toxiny a nebudou obsahovat chemické a fyzikální faktory, které by mohly vést k onemocnění nebo poranění kosmonautů.

Poprvé byly využity zkušenosti z programu NASA, tj. vedení dokumentace, která usnadní zpětnou vysledovatelnost použití surovin v závodě, výrobním procesu, včetně jmen pracovníků, kteří se na výrovbě přímo účastnili.

V dalším kroku se výzkum ubíral směrem k výběru správné metody analýzy rizika a právě zde byly ve většině využity principy známé analýzy FMEA (Failure Mode and Effects Analysis), tedy analýzy příčin a následků. Jako zdroj této metody byla armáda USA (US Army Natick Research, Development and Engeneering Center) v té době zpracovaná pro oblast medicíny.

V roce 1971 byl systém HACCP poprvé představen na konferenci o ochraně potravin v Denveru (USA Dept. HEW 1972). Po této konferenci dostala firma Pillsbury Co. nabídku od FDA (Food and Druck Administration – Úřad pro potraviny a léky)provést školení pracovníků této organizace. V roce 1973 Pillsbury uveřejnila základní dokumentaci k systému HACCP, která byla určena pro prcovníky FDA.

Širšího využití systému HACCP v potravinářském průmyslu došlo až v roce 1985, kdy ICMSF (International Commission for Microbiological Specifications for Foods – Mezinárodní komise pro mikrobiologické specifikace potravin) doporučila systém HACCP pro kontrolu mikrobiologických rizik v potravinářském průmyslu.